Ο Προϋπολογισμός της ΄Ενωσης ετοιμάζεται και υποβάλλεται από το Γραμματέα στην Εκτελεστική Επιτροπή, μέχρι την 30η Σεπτεμβρίου κάθε έτους για έγκριση, ο οποίος στη συνέχεια υποβάλλεται από την Εκτελεστική Επιτροπή για έγκριση από την Ετήσια Γενική Συνέλευση της ΄Ενωσης.
Η υλοποίηση του Προϋπολογισμού ελέγχεται από την Εκτελεστική Επιτροπή ανά τακτά χρονικά διαστήματα.
Οι Οικονομικές Καταστάσεις της ΄Ενωσης ετοιμάζονται με βάση τις ενδεδειγμένες λογιστικές αρχές και πρότυπα, σύμφωνα με τις υποδείξεις και οδηγίες των Ελεγκτών της ΄Ενωσης, οι οποίοι είναι η εταιρεία Ernst & Young Cyprus Limited.
Οι Οικονομικές Καταστάσεις ελέγχονται από τους Ελεγκτές της ΄Ενωσης όχι αργότερα από την 30η Ιουνίου του επόμενου έτους. Στη συνέχεια υποβάλλονται από το Γραμματέα όχι αργότερα από την 30 Σεπτεμβρίου στην Εκτελεστική Επιτροπή για έγκριση και για να ληφθεί εξουσιοδότηση για υπογραφή τους. Μετά την έγκρισή τους από την Εκτελεστική Επιτροπή και την υπογραφή τους από τον Πρόεδρο και το Γραμματέα υποβάλλονται για έγκριση από την Ετήσια Γενική Συνέλευση της ΄Ενωσης.
Τα έσοδα της ΄Ενωσης προέρχονται κυρίως από εισφορές των μελών. Η εισφορά κάθε μέλους καθορίστηκε σε 0,4% των εσόδων, όπως αυτά παρουσιάζονται στον απολογισμό που δημοσιεύεται στην Επίσημη Εφημερίδα της Δημοκρατίας για τον αμέσως προηγούμενο χρόνο, μετά την αφαίρεση ποσοστού 3% για όλους τους Δήμους ως ανάκτηση εξόδων. Τα προσφυγοποιηθέντα μέλη εξαιρούνται της υποχρέωσης καταβολής εισφοράς. Παράλληλα η ΄Ενωση εισπράττει κρατικές επιχορηγήσεις σε σχέση με διάφορα έξοδα που πραγματοποιεί για συγκεκριμένες ημερίδες/εκδηλώσεις και συμμετοχές σε διεθνείς οργανισμούς.
Οι εισφορές αναγνωρίζονται στον χρόνο κατά τον οποίο είναι εισπρακτέες, με βάση τα έσοδα που κοινοποιούνται στην Ένωση από κάθε Δήμο. Τυχόν αναπροσαρμογές/τελικοί διακανονισμοί, λογιστοποιούνται όταν τα έσοδα παρουσιάζονται από κάθε Δήμο στον απολογισμό που δημοσιεύεται στην Επίσημη Εφημερίδα της Δημοκρατίας.
Τα κύρια έξοδα της ΄Ενωσης είναι το κόστος μισθοδοσίας του Προσωπικού, τα έξοδα λειτουργίας του γραφείου Βρυξελλών, διοργάνωση σεμιναρίων, ημερίδων και συμμετοχές σε συνέδρια του εξωτερικού.
Ο Πρόεδρος ή ο Γραμματέας μπορούν να εγκρίνουν χωρίς να χρειάζεται οποιαδήποτε άλλη έγκριση αγορές αγαθών ή υπηρεσιών η αξία των οποίων δεν υπερβαίνει τα €2.000 και €1.000 αντίστοιχα, και με κοινή απόφαση του Προέδρου και του Γραμματέα ποσό μέχρι €5.000. Σε περίπτωση όπου η αξία αγοράς των προς έγκριση αγαθών ή υπηρεσιών υπερβαίνει τα €5.000 (εκτός μισθοδοσίας) απαιτείται λήψη απόφασης από την Εκτελεστική Επιτροπή.
Για τη διενέργεια οποιασδήποτε δαπάνης του προϋπολογισμού και την πληρωμή της πρέπει να συμπληρώνεται κατάλληλα ειδικό έντυπο στο οποίο να καταγράφεται το είδος και ύψος της δαπάνης και από ποιό πρόσωπο έχει εγκριθεί η δαπάνη. Το έντυπο αυτό μαζί με τα τιμολόγια ή άλλα σχετικά έγγραφα για κάθε δαπάνη θα καταχωρούνται σε ειδικούς φακέλους του λογιστηρίου.
Οικονομικές Καταστάσεις και Κανονισμοί